Forschungsinstitute nehmen themenbezogene profilierte Aufgaben in der Forschung wahr. An der Universität Vechta gibt es aktuell drei Forschungsinstitute:

Weiterhin existiert mit dem kulturanthropologischen Institut Oldenburger Münsterland ein An-Institut an der Universität Vechta.

• Landesinitiative Ernährungswirtschaft - LI Food
• Kompetenzzentrum Regionales Lernen
• Vechtaer Forschungsverbund Individuum in Gesellschaft (VInG)
• Arbeitsstelle für Reflexive Person- und Organisationsentwicklung
• Arbeitsstelle für Katholizismus- und Widerstandsforschung
• Arbeitsstelle für sportpsychologische Beratung und Betreuung - Challenges
• Arbeitsstelle Intermediäre Gestaltung (IMEG)
• Arbeitsstelle Rolf Dieter Brinkmann
• Arbeitsstelle Andreas Romberg