Die Universität Vechta wird von einem Präsidium geleitet. Das Präsidium setzt sich zusammen aus der Präsidentin, der Vizepräsidentin für Lehre und Studium und dem Vizepräsidenten für Forschung und Nachwuchsförderung. Die Mitglieder des Präsidiums werden auf Vorschlag des Senats und mit Zustimmung des Hochschulrates vom Niedersachsischen Ministerium für Wissenschaft und Kultur (MWK) ernannt.

Dem Präsidium obliegt die Rechtsaufsicht über die Organe der Universität und der Studierendenschaft.